北京市眼科研究所成立于1959年，是全国第一所临床与基础理论研究相结合的眼科专业研究所。其宗旨以常见及多发致盲眼病的临床与基础研究为主要任务。初始由张晓楼教授创导组织的数人研究小组，迄今已发展为有七个研究科室：微生物研究室、生理研究室、药理研究室、病理研究室、防盲研究室、生化研究室、编辑情报室，60余名工作人员，在国内外颇具影响的眼科研究单位。
1955年张晓楼教授与汤飞凡教授合作，首次用鸡胚胎分离培养沙眼衣原体获得成功，解决了世界眼科界长期未能确定的沙眼病原问题;以及其后张晓楼教授领导的全国性沙眼调查及沙眼防治工作的突出成绩。汤飞凡与张晓楼教授因而被世界沙眼防治组织授予“国际沙眼金质奖章”。
北京市眼科研究所作为北京市唯一的眼科博士后流动站，每年吸收3~4名博士进站，同时还招收2~3名眼科博士生，3~5名眼科硕士生，形成了科研、教学为一体的新模式。有百年历史的同仁医院眼科和眼研所统一合作，建立了北京高技术实验研究中心，旨在眼科领域建立一支高水平的科研队伍及完善的研究设施，加强临床研究与基础研究相结合的创新性高水平研究的探索。 北京市眼科研究所生理研究室： 主要从事青光眼早期诊断及眼电生理研究、视神经保护研究。
1992年眼科研究所生理室与同仁医院眼科青光眼亚科建立了同仁医院青光眼诊断治疗中心。自该中心成立以来，在青光眼的早期诊断上取得了一系列进展。
视神经图象分析系统：对视神经纤维层和视乳头形态进行观察，结合其他检查方法，如视野检查，眼压曲线等，在视野损害出现之前可确定诊断。该方法可分析微小的视神经损害进展，还可对青光眼进行早期监测，确定青光眼病情的进展情况。
激光治疗：使用Nd：YAG激光，对闭角型青光眼临床前期和部分早期患者，施行激光虹膜切开术，有效控制了闭角型青光眼的病变进展，对晚期青光眼包括新生血管性青光眼及其它原因引起的难治性青光眼亦有一定的疗效。
仪器设备：该研究室拥有一批国内外先进的医疗设备，其中有青光眼视神经图象分析系统、HRT、OCT、ERG及VEP、倍频视野计、Octopus自动视野计、HQZ自动视野计、眼压描计仪等。上述仪器设备在对青光眼诊断中起着重要的作用。如VEP、ERG对青光眼、黄斑变性、视神经炎、视神经萎缩等疾病进行研究，为临床确定诊断提供电生理方面依据。
前期同仁眼研所眼科门诊采用手写病历，门诊患者资料难以保存，导致临床大数据资料缺失，不利于患者随诊、诊疗计划及临床科研统计，此外，同仁眼研所眼科设备种类和品牌繁多，需要将患者所有检查结果进行归类和整合，当医院设备更新时，旧设备中的珍贵患者检查结果需要保留下来，以便全面随访患者疾病历史进程。
为了集成患者医疗数据、整合众多设备的检查数据，方便临床工作和科学研究，北京市眼科研究所于2015年采购了OPERA EMR+PACS。
1）全结构化数据采集、分类、存储
依据卫计委颁布的门诊病历书写规范，全面提升门诊病历书写规范性及全面性，确保医疗质量，避免重要诊断信息的缺失，依据美国眼科临床指南、我国卫生部颁布的临床路径，从病史采集，眼科查体，眼科专科检查，诊断，治疗处理规范临床诊疗路径，确保医疗质量，在大大提升病历质量的同时，不影响临床工作效率，与门诊医生工作站（HIS系统）功能进行整合，医生仅需使用电子病历客户端即可完成病历录入，检查检验单开具，处方开具及治疗处理开具，无需反复切换界面。
可快速回顾当前患者历次就诊、检查记录，为当天就诊提供历史依据。并可自动形成视力、眼压、验光数据，角膜厚度等历次检查结果曲线图，方便医生评估疾病进展情况，并可实时浏览患者影像检查结果。
2）无缝连接检查设备
OPERA EMR和PACS系统在北京市眼科研究所已平稳运行2年余，在完善存留患者珍贵门诊数据的同时，与各厂家设备无缝接驳。目前连接的设备包括：
技师检查完毕时，眼压、验光、视力结果及影像报告（影像报告以左右眼区分方式显示，如下图）将自动上传到服务器，操作简单易行。此时，任意一台眼科影像管理分析系统的浏览端都可查看到该患者的全部检查结果，不仅节省了患者排队等候报告的时间，更方便医生查看患者所有原始影像、报告资料，避免医生奔波于诊室与检查室间；同时，为医院提供自定义报告书写功能，为医院节省了报告纸张、墨盒等耗材品的使用，节省医院运营成本。
可方便的将报告中有意义数据进行提取，用于科学研究、教学实例等，既简化了医生整理摘抄海量数据的繁琐工作，又保证了数据的完整、全面、正确性，对于眼科疾病的诊疗，和深入的科学研究工作起到重要参考意义。
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